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钱坤

研究 / 开源软件

科研软件

我参与开发的单细胞与空间组学分析软件,代码和使用文档均已开源。

空间转录组学

SpaHDmap

结合空间转录组数据与组织学图像,获得可解释的高分辨率表征。

  • 多模态学习
  • 多个空间转录组数据集的整合

单细胞数据整合

scINSIGHT

用矩阵分解方法,联合分析来自不同疾病阶段、治疗组或发育阶段的单细胞样本。

  • 共享与条件特异的表达模式
  • 批次效应校正
  • 自动选择参数

自适应聚类

scAce

利用变分自编码器学习细胞表征,并通过自适应簇合并不断更新聚类结果。

  • 自适应表征学习与聚类
  • 适用于大规模单细胞 RNA 测序数据

图表征学习

scBiG

利用图自编码器,从细胞—基因二部图中学习细胞与基因的低维表征。

  • 细胞与基因关系建模
  • 保留生物学结构